Aurinkokasvihuoneessa käytetään yleensä vedenkierrätysjärjestelmää, joka koostuu endotermisestä käsittelystä ja veden kiertojärjestelmästä. Endoterminen käsittely tarkoittaa erityisten endotermisten materiaalien kiinnittämistä tai levittämistä aurinkokasvihuoneen takaseinään ja sitten muovikalvon käärimistä lämmittimen ympärille aurinkoenergian muuntamiseksi kuuman ilman energiaksi ja siten lämmittimen sisällä olevan veden lämmittämiseen.
Vedenkiertojärjestelmää ohjaa pumppu kierrättämään lämmintä vettä kiukaan kokonaisuutena, ja lämmittimen toisessa päässä oleva vakiolämpöinen eristysaukko varastoi lämmintä vettä. Lisäksi endoterminen materiaali voi absorboituaan aurinkoenergiaa nostaa takaseinän lämpötilaa ja seinä vapauttaa lämpöä yöllä, mikä nostaa lämpötilaa. Kuuma vesi voidaan kuljettaa lämmittimeen myös yöllä kiertovesipumpun kautta kasvin kasvuympäristön lämpötilan nostamiseksi, kylmän veden korvaamiseksi ja sadon kasvuun tarvittavan vesimäärän täyttämiseksi.
